允英医疗与瑞金医院胸外科合作，纳入55名胸腺上皮瘤患者，采用允英医疗AllNGS™ panel 315产品，完成了对胸腺上皮瘤相关位点基于Illumina测序平台的NGS（next generational sequencing）测序。依据临床病理诊断结果将患者分为胸腺瘤与胸腺癌两组，根据测序数据对鉴定胸腺上皮瘤的分子特征和分子诊断标志物进行筛选。

研究发现，胸腺肿瘤患者的基因突变主要集中于SNV（single nucleotide variants）和Indel形式，不同亚型的胸腺上皮瘤患者中有多个基因在不同的热点位点表现出不同频率的变异。胸腺瘤患者中，APC信号通路中出现SNV频率最高的基因为EP300（48％）、APC（46％）和CTNNB1（42％）；然而在胸腺癌患者中，这一通路发生SNV频率最高的基因则是APC（60%）、AXIN1（60%）以及EP300（60%）（图1）。

此外，在肿瘤基因组插入及缺失突变方面，检测到一系列高频突变基因，其中在胸腺瘤中共有4个基因的突变频率高于90%（ARID1A、KMT2C、TGFBR2和MAP3K1）；而它们在胸腺癌中则表现出100%的突变频率（图2）。

同时，本研究首次报道，胸腺上皮瘤不同亚型患者之间的肿瘤突变负荷（tumor mutation burden，TMB）存在巨大差异：A型TMB最高而AB型TMB最低；其余B1、B2、B3型以及胸腺癌C型几种亚型的TMB值接近。微卫星不稳定性（microsatellite instability，MSI）的结果则与TMB相反：A型高MSI比例最低；B3、B1和AB型高MSI比例最高。值得注意的是，TMB高的患者中有23.6%同样存在MSH6基因的SNV突变，而在TMB低的患者中则有高达67.3%未检测到MSH6基因的SNV突变。这不仅是胸腺瘤与胸腺癌分型的分子特征标志，也为临床靶向用药选择提供了全新思路（图3）。

         图3 胸腺上皮瘤TMB及MSI分析

综上，本研究首次揭示了在胸腺上皮瘤中DNA错配修复基因MSH6的SNV与患者TMB之间具有很强的相关性，为治疗药物的研发提供了潜在作用靶点和新的研发思路；并提出了胸腺上皮瘤患者中胸腺瘤与胸腺癌亚型的快速NGS分子诊断方案：依据测序结果中一系列基因突变特征等分子标志物，可开展患者分层管理，定制个体化的精准医疗方案，显著提升患者肿瘤治愈的机会。