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允英学术简报:DNAplus™与AllNGS™双星闪耀 | 成功鉴定肺癌患者胸水样本中分子标记特征
发布时间: 2021-12-17 14:24:13

    肺癌是最常见的和致死率最高的恶性肿瘤疾病,中国2020年新发肺癌病例82万人,死亡病例71万,其中约80-85%为非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者。多达50-70%的NSCLC患者诊断即晚期,且不满足手术条件,因此很难获取足够数量的肿瘤组织进行基因检测,定制个体化靶向用药方案

    允英医疗携手常州二院,充分利用自己的核心技术优势,积极探索肺癌患者替代组织基因检测的液体活检方案。本研究入组了108名肺癌患者,采集了患者的恶性胸腔积液(malignant pleural effusion,MPE)作为样本,利用允英自研的高效游离DNA提取技术DNAplus™提取样本中的游离DNA(cell-free DNA,cfDNA),并基于高效液相杂交捕获的允英AllNGS™技术构建测序文库并进行高通量测序,寻找肿瘤分子特征标记物与临床用药靶点。

    结果显示,允英AllNGS™技术的测序数据覆盖度接近100%,平均深度约3492×,性能是同类研究结果的10倍。测得突变位点依据临床用药意义是否明确被分为两组,研究利用ARMS-PCR(amplification refractory mutation system)技术对频率在1-10%的突变进行了成功验证(图1)。


        图1 AllNGS™在108例肺癌患者MPE样本中检测结果
    本研究发现,108名患者的MPE样本中仅检测到2例(1.9%)存在ERBB2 M774_A775insAYVM突变,该突变表现出对曲妥珠单抗(Herceptin)等药物的敏感性;而83例(76.8%)患者存在意义不明的ERBB2突变。同时,在93例(86%)患者中检出EGFR突变,其中62名患者(66.7%)的EGFR突变与靶向药物(如吉非替尼,阿法替尼,奥西替尼等)敏感性相关;其余31名患者(33.3%)未观察到可靶向用药的突变。另有15名患者为野生型EGFR(图2),其余诸如ALK-EML4融合(6例,5.6%)等多种靶向用药相关突变均有检出。

         图2 108例肺癌患者MPE样本中EGFR突变检测结果

    此外,本研究还发现,部分突变频率不仅存在性别差异,还与年龄强相关。ERBB2、PIK3CA、BRAF、KRAS及EGFR 21号外显子与18号外显子等用药相关突变频率均随年龄增长而增加;而EGFR 20号外显子、ROS1融合等用药相关突变的频率则随着年龄增长而降低(图3)。

         图3 108例肺癌患者MPE样本中基因突变频率与年龄分布
    综上,本研究不仅揭示了晚期肺癌患者的基因突变特征,也明确了恶性胸腔积液样本是一种可靠的液体活检替代样本,能够为不满足组织取材临床条件的肺癌患者提供基因检测与用药参考。