结核分枝杆菌（mycobacterium tuberculosis，MTB）和非结核分枝杆菌（nontuberculous mycobacteria，NTM）感染的准确鉴定能够协助患者分层与精准用药，有效治疗与控制肺部传染性疾病。然而，快速诊断患者属于MTB或NTM感染，分离样本菌株、分析致病源抗生素敏感性与耐药性是现存临床挑战之一。

    允英医疗与上海肺科医院合作，采用基于NGS（next generational sequencing）测序技术方案的允英宏基因组英微探™产品，探讨临床鉴别诊断的一步法策略。研究前瞻性的招募了30名疑似MTB或NTM感染患者，同时采用抗酸杆菌痰涂片、Lowenstein-Jensen（LJ）培养试验、基于qPCR（quantitative real-time polymerase chain reaction）的结核分枝杆菌DNA（TB-DNA）和RNA检测（TB-SAT）、BACTEC MGIT 960 快速培养、以及基于酶联免疫斑点法的T-SPOT检测技术进行了检测，并与NGS一步法检测策略进行了全面对比（图1）。

    英微探™在30名患者中共检出25例MTB或NTM阳性，其中，有7例为MTB与NTM共同感染；此外，在所有患者中共捕获鉴定出7种致病性NTM，较常见的为产粘液分枝杆菌（M. mucogenicum，7例）及脓肿分枝杆菌（M. abscessus，4例）。相比其它方法，NGS检测结果阳性率最高（图2）。

    以MGIT 960结果作为金标准，NGS策略对MTB与NTM的检测敏感性高达95%，一致性也达到83.35，均高于其它方法（图3）。

    此外，本研究选用了四种一线抗结核药物利福平（rifampicin，RMP）、异烟肼（isoniazid，INH）、乙胺丁醇（ethambutol，EMB）和链霉素（streptomycin，STR）以及三种二线药物阿米卡星（amikacin，AMK）、卷曲霉素（capreomycin，CAP）和氧氟沙星（ofloxacin，OFX），开展MGIT 960药敏试验鉴定。结果发现在所有17名MTB感染者中，有多达14人对至少两种常见抗结核药物具有耐药性。针对NGS一步法诊断策略仅准确鉴定出其中9人的耐药亚型结果，分析原因在于样本的基因组覆盖度较低导致的部分耐药位点未被覆盖。

    综上，本研究建立了一种基于NGS平台的MTB与NTM快速鉴别诊断策略，针对NGS平台一步法实现鉴别诊断与菌株耐药性鉴定的临床诊断方法，提出了探索性的路径。