胃癌是全球致死性排行第三的恶性肿瘤疾病,且由于东西方饮食生活习惯差异,以我国为首的东亚诸国发病率尤为突出。胃癌具有复杂的患者组织病理及基因组异质性,使临床患者分层与精准医疗面临严峻挑战。因此,有效鉴定不同胃癌患者基因组中潜在共性特征,对指导临床用药方案、预测疗效及患者预后具有重要意义。
允英医疗携手上海市长征医院,基于允英自主研发的高效DNA提取技术DNAplus™、先进液相杂交捕获测序AllNGS™技术联合生物信息大数据库分析技术平台,开展了科研攻关,并首次报告对于老年或携带TP53突变的胃癌患者,存在PIK3CA基因体系突变将导致患者响应免疫治疗的几率提升。
本研究总计入组了288例胃癌患者,其中男性198人(68.8%),女性90人(31.3%)。患者平均年龄60岁,中位年龄61岁,男女队列年龄无显著性偏差。所有入组患者均提供肿瘤组织样本,同时使用允英采血管采集并保存配对血液样本。样本中核酸分子经DNAplus™提取后,采用允英AllNGS Panel 639™实体瘤全程管理产品,基于Illumina nextSeq550二代测序平台在组织与配对血液样本中检测了与肿瘤发生、发展及患者用药指导、预后评估相关的639个基因的全部外显子与部分内含子上所携带的基因胚系及体系变异。
结果发现,入组患者所检出突变基因与患者基线间相关性极为复杂,为胃癌患者基因组具有高度异质性的论点提供了有力支持。值得注意的是,不同年龄段(≥60岁或<60岁)患者间具有不同的突变背景,表明年龄可能是胃癌患者基因组图谱鉴定的重要影响因素。此外,仅有43.8%(126人)未携带TP53体系突变,且其中多达41.3%(52人)的TP53野生型患者中罕见基因组体系突变,表明其肿瘤突变负荷极低,提示TP53可能是胃癌患者分层的一个潜在分子特征。
上述结论在包含873名胃癌患者基因组信息的Cbioportal公共数据库中进行了验证,证实了在以TP53突变状态和年龄分组下,CDH1、HER2和PIK3CA与TMB的相关性。我们进一步对35名曾接受了免疫治疗的胃癌患者进行了生存分析,发现在TP53突变或年龄≥60岁的患者群体中,携带PIK3CA突变的患者能够更好的响应免疫治疗,患者总生存期相比非携带者更长、预后更好,尽管这一趋势由于样本量较小而未表现出统计学显著性差异。